La actividad industrial de Industrias lácteas Toni S.A. promueve el manejo integral de los residuos generados en todas las actividades tanto productivas como administrativas, a partir de reducir la generación de residuos y aumentar su aprovechamiento con el fin de disminuir costos de operación y mitigar el impacto ambiental. Dentro de la gestión de los residuos no peligrosos (cartón, plástico, papel, chatarra) consiste en tratarlos con gestores calificados para reciclar residuos de este tipo. En el año 2016 se han reciclados alrededor del 97% de los desechos no peligrosos generados.
En el caso de residuos peligrosos, estos son manejados de acuerdo con la legislación ambiental vigente. En industrias Lácteas Toni se cuenta con una bodega de almacenamiento temporal de residuos peligrosos; que cumple con controles de seguridad y medio ambiente; para ser posteriormente entregados a gestores calificados por la entidad ambiental ecuatoriana.